Nos primeiros anos do futebol no clube, o Vasco usou como estádio o campo do Andarahy, que depois se tornou campo do America, que numa permuta cedeu o terreno para construção do Shopping Iguatemi, atual Boulevard Rio Shopping. Desde a ida para a primeira divisão, em 1923, a diretoria vascaína já traçava planos para a construção de um estádio próprio. Contudo, a ideia só foi levada mesmo a cabo após a criação da AMEA. Um dos motivos argumentados para a não inclusão do Vasco na nova liga era a falta de um estádio próprio. Por este motivo, foi-se então dado o pontapé para a construção de São Januário. Começava ali uma campanha intensa de arrecadação de verbas.

No dia 28 de março de 1925, o Vasco assinou uma escritura de compromisso de compra e venda de um terreno de 65.445 m² em São Cristóvão da Sociedade Anonyma Lameiro no valor de 609:895$000 (seiscentos e nove contos e oitocentos e noventa e cinco mil réis) frutos de arrecadação popular. Feito isso, foram arrecadados mais aproximadamente 2.000:000$000 (dois mil contos de réis) para poder construir o estádio.

A Pedra Fundamental foi dada em 6 de junho de 1926, quando da assinatura do então prefeito do Distrito Federal, Alaor Prata. Para a construção foi chamada a firma Cristiani & Severo. O arquiteto português Ricardo Severo foi nomeado responsável pelo projeto do estádio.

Durante a construção, um problema: presidente da República, Washington Luís se negou a autorizar a importação de cimento belga - já utilizado no Jockey Club. Sem aquele tipo de cimento, necessário para uma obra daquele porte, foi-se usada uma solução criativa e útil: uma mistura de cimento, areia e pedra britada. Estima-se que pelo menos 6.000 barris de cimento e 252 toneladas de ferro foram usadas na obra.

Dez meses depois, o Estádio era inaugurado, com a presença de Washington Luís para se tornar o maior estádio do mundo novo. Até 1930, quando da inauguração do Estádio Centenário em Montevidéu (para a primeira Copa do Mundo), era o maior das Américas. Até 1940, quando da inauguração do Pacaembu em São Paulo, o estádio era o maior do Brasil, e até 1950, na inauguração do Maracanã, era o maior do Rio de Janeiro. Após mais de 90 anos desde sua inauguração, este templo do futebol continua sendo o maior estádio particular do estado.

No jogo inaugural, dia 21 de abril de 1927, uma partida contra o Santos, potência paulista da época. O gol inaugural do estádio foi feito pelo santista Evangelista, aos 20 minutos do primeiro tempo. O primeiro gol vascaíno foi marcado pelo jogador Negrito aos 23 minutos do primeiro tempo. O Santos ganhou de 5 a 3, com dois gols de Evangelista, Feitiço, Omar e Araken Patuska.

Antes da partida houve várias solenidades, culminando com o corte de uma fita simbólica pelo aviador português Sarmento de Beires, realizador da travessia Lisboa-Rio comandando o hidroavião Argos.

Em 31 de março de 1928 foram inaugurados os refletores, já com a arquibancada em curva atrás de um dos gols concluída. O jogo foi contra o time uruguaio Wanderers. O Vasco venceu por 1 a 0, com um gol do ponta-esquerda Santana, em um chute direto do escanteio.

O primeiro jogo da Seleção Brasileira no estádio ocorreu em 15 de janeiro de 1939, pela Copa Rocca. O Brasil perdeu de 5 a 1 para os rivais argentinos. O gol brasileiro foi feito por Leônidas da Silva, o Diamante Negro, que tinha jogado no Vasco cinco anos antes.

Também neste estádio foram jogados as finais da Libertadores de 1998 vencida pelo Vasco da Gama, da Copa do Brasil de 2005 vencida pelo Paulista-SP, além da primeira partida da final da Copa do Brasil de Futebol de 2011 vencida pelo Vasco da Gama.

O Vasco da Gama manda seus jogos no Estádio de São Januário. O clube utiliza o Maracanã apenas em jogos de grande importância, e também os clássicos contra seus três rivais da cidade.

No dia 20 de maio 2007, o atacante Romário marcou o seu milésimo gol, na partida entre Vasco da Gama e Sport Recife.

O maior artilheiro de São Januário é Roberto Dinamite, também maior artilheiro vascaíno, com 184 gols marcados no estádio. Logo em seguida vem Romário, com 152 gols, e Ademir Marques de Menezes, com 94 gols.

Estátua de Romário

Em 2007 foi inaugurada no estádio de São Januário uma estátua de bronze em tamanho natural do craque e ídolo vascaíno Romário. A estátua fica localizada dentro do gramado atrás da baliza à esquerda das cabines de rádio e TV, baliza está na qual Romário marcou seu milésimo gol. Segundo o então presidente do Vasco, Eurico Miranda, a estátua é uma homenagem a um atleta que tanto contribuiu com Vasco, sendo um dos maiores goleadores do clube e também uma homenagem ao milésimo gol do atacante.

Acontecimentos não-esportivos

Em 1935 foi realizado no estádio o encerramento do Primeiro Congresso Nacional de Educação, que reuniu o Ministro Gustavo Capanema, o presidente da República, Getúlio Vargas e centenas de educadores e estudantes numa discussão sobre os rumos da educação nacional.

Foi também em São Januário que ocorreram os corais do maestro Heitor Villa-Lobos, que em 1940 reuniu 40.000 estudantes das escolas do Distrito Federal num coral de canto orfeônico. Naquele mesmo ano, o estádio serviu como palco do comício de 1º de maio que o presidente Getúlio Vargas anunciou a Consolidação das Leis do Trabalho (CLT), as primeiras leis trabalhistas do Brasil. Getúlio usaria durante toda a década de 1940 São Januário como palco de seus discursos.

O estádio também sediou o Desfile das Escolas de samba do Rio de Janeiro nos anos de 1943 e 1945. Em 1943 um desfile comemorativo promovido pela primeira-dama, Darci Vargas. Já em 1945 a competição oficial, que teve como campeã a Portela com o enredo "Brasil Glorioso".

Já em 1985, São Januário foi palco do show do grupo porto-riquenho Menudo. A imprensa estimou o público em 80 mil; os organizadores falaram em 130 mil espectadores. Devido ao grande número de pessoas, milhares não conseguiram entrar para o show, e duas jovens morreram pisoteadas.

Prêmios

No dia 30 de abril de 2002, o Travel Channel, famoso canal de televisão especializado em turismo realizou pesquisa que incluiu São Januário entre os sete melhores estádios do planeta para se assistir uma partida de futebol, junto com Camp Nou, Giuseppe Meazza, La Bombonera, Ibrox Stadium, Stamford Bridge e o Estádio Olímpico de Munique.

Com 80 anos de existência completados em 2007, o estádio se destaca por resguardar traços originais de sua construção. A emissora apontou São Januário como um dos mais famosos do mundo e lembrou o fato de o Vasco ter sido o primeiro clube brasileiro a lutar contra o racismo, admitindo negros no seu quadro de atletas. Em 2008, o estádio também ganhou o prêmio de 'Maravilha da Zona Norte', ficando em primeiro lugar numa votação para escolher as sete maravilhas da Zona Norte da cidade do Rio de Janeiro.

Reformas

O estádio passou por uma série de reformas visando proporcionar maior conforto aos torcedores e jogadores. Em parceria com patrocinadores, o Vasco reformou completamente os vestiários de São Januário deixando-os com estrutura de primeiro mundo, além disso inaugurou um novo setor no estádio chamado "Setor Premium" onde torcedores encontram diversas opções de lazer e um maior conforto ao assistir aos jogos. Outras reformas notáveis foram a substituição dos antigos alambrados do estádio por modernos vidros temperados, a mudança completa do gramado atendendo aos padrões internacionais da FIFA, a pintura completa da arquibancada e cadeiras sociais e por fim a inauguração de um dos mais modernos placares eletrônicos do Brasil.